Nouvelles récentes de Motus

Decembre 2019

Oiseaux Canada et la National Audubon Society recherchent une ou un spécialiste de l’écologie des déplacements

Oiseaux Canada et la National Audubon Society sont engagés dans la protection des oiseaux et des lieux dont ils ont besoin tout au long de leur cycle annuel. L’étude des migrations aviaires constitue le fondement de cette vision : non seulement elle nous indique où nous devrions investir notre temps, nos ressources et nos énergies limités, mais elle nous aide aussi à diffuser l’histoire fascinante des déplacements en vue d’inciter davantage de gens à agir pour la conservation.

À cette fin, Oiseaux Canada et la National Audubon Society s’unissent pour faire la synthèse des données sur les déplacements d’animaux issues du Système de surveillance faunique Motus et d’autres technologies de suivi dans le but de déterminer les déplacements saisonniers, les comportements et les modèles migratoires dans l’ensemble de l’hémisphère occidental et d’utiliser les résultats d’études scientifiques pour établir des priorités stratégiques pertinentes et réalisables en matière de conservation. La première étape de cet important partenariat est l’embauche d’une ou d’un spécialiste de l’écologie des déplacements, qui travaillera en étroite collaboration avec les équipes de scientifiques de la conservation de la Migratory Bird Initiative de la National Audubon Society et avec les équipes d’étude de l’écologie des migrations et de la science et de la technologie des données d’Oiseaux Canada en vue de produire des résultats positifs en matière de conservation par le biais de la recherche sur l’écologie des déplacements et des migrations, en mettant l’accent sur différentes sources de données de suivi, en particulier les données du Système de surveillance faunique Motus. La ou le titulaire du poste dirigera les travaux de modélisation des déplacements des oiseaux à des échelles hémisphériques; établira des partenariats avec des scientifiques d’établissements d’enseignement, d’organismes et d’autres entités engagées dans la conservation qui étudient les migrations d’oiseaux et l’écologie des déplacements; et fournira les résultats des travaux à Oiseaux Canada et à la National Audubon Society pour soutenir leurs missions et leurs programmes.

Principales responsabilités

  • Élaborer et mettre en œuvre des méthodes bayésiennes, markoviennes, fréquentistes et/ou d’apprentissage automatique évoluées en vue d’analyses quantitatives de données de télémétrie automatisée (Motus), de géolocalisation et GPS et d’autres données de suivi.
  • Élaborer des analyses visant à relier les déplacements à l’utilisation des habitats, avec prise en compte de l’erreur spatiale et de l’autocorrélation.
  • Examiner les synergies entre les types de technologie, les possibilités et les méthodes en vue de combiner les données de suivi dans des modèles de déplacements et des outils d’aide à la décision en matière de conservation et/ou de collaborer en ces matières au besoin.
  • Intégrer les données de suivi et les données sur les menaces dans le but de localiser les zones clés aux fins de la conservation.
  • Automatiser les extractions de données et les processus de vérification des données.
  • Mettre au point des outils pour produire des statistiques sommaires clés relatives à toutes les espèces étudiées à partir des données Motus et d’autres données de suivi, par exemple les vitesses de vol, les heures de départ et d’arrivée, les profils d’activité, l’organisation spatiale (utilisation des habitats), la durée des haltes selon la latitude/le lieu, les voies migratoires et les variables météorologiques/climatiques.
  • Déterminer les possibilités de combler les principaux manques de données concernant les espèces, les habitats et les voies migratoires prioritaires pour Audubon et Oiseaux Canada à partir des données de suivi des migrations.
  • Collaborer avec différents groupes d’employés de la National Audubon Society et d’Oiseaux Canada ainsi qu’avec des scientifiques et des institutions de l’étranger étudiant les oiseaux migrateurs en vue de synthétiser et d’analyser des données sur les déplacements; et co-superviser des étudiants universitaires de premier cycle, de cycles supérieurs et postdoctoraux, ou collaborer avec eux, dans le cadre de travaux visant les objectifs ci-dessus.
  • Trouver des possibilités de financement et de publication d’articles évalués par des pairs, et collaborer à la rédaction de demandes de financement ou diriger celle-ci; et diffuser des publications évaluées par les pairs, des images destinées au public et des trousses d’outils basés sur des logiciels R afin de promouvoir l’utilisation et la réutilisation de données par des chercheurs et des décideurs.
  • Se rendre jusqu’à quatre fois par année à des bureaux d’Audubon ou d’Oiseaux Canada et/ou assister à d’autres réunions ou conférences.

Qualifications et expérience

Exigences

  • Doctorat en biologie, en écologie, en écologie spatiale, dans un domaine relié à la conservation, ou en informatique avec un intérêt en biologie. Il est préférable de posséder deux à trois ans d’expérience professionnelle post-universitaire.
  • Capacité manifeste de cerner clairement des objectifs de recherche et des études de conception et de mettre en œuvre des analyses.
  • Capacité démontrée de concevoir et de gérer de grandes bases de données et d’analyser des masses de données.
  • Compétence reliée à l’analyse quantitative et à la modélisation des déplacements d’animaux, dont l’utilisation de modèles linéaires généralisés et de modèles hiérarchiques dans des cadres fréquentiste et bayésien, de méthodes de capture-recapture et de modèles espace-état.
  • Expertise démontrée de l’utilisation d’une vaste gamme de logiciels, dont R, et de bases de données relationnelles (p. ex., Access et SQL).
  • Compétences poussées en programmation (p. ex., élaboration de logiciels R, langages Java et C++).
  • Maîtrise des SIG, en particulier des produits de la plateforme ArcGIS.
  • De l’expérience de la recherche sur le terrain faisant appel à différents types de technologies et de données de suivi d’animaux, y compris la radiotélémétrie automatisée (Motus), est vivement souhaitée.
  • Connaissance pratique et bonne compréhension de l’écologie des migrations et des enjeux connexes en matière de conservation.
  • Sens aigu de l’organisation, esprit d’initiative, capacités à établir des liens interpersonnels et aptitudes pour la communication orale et écrite.

Qualifications souhaitables

  • Expérience de l’utilisation de produits de télédétection.
  • Expérience dans l’infonuagique et le traitement de mégadonnées.
  • Bonne connaissance des menaces pesant sur les oiseaux migrateurs.
  • Capacité éprouvée à produire des articles scientifiques ou des rapports de grande qualité.
  • Aptitude manifeste et vif intérêt à collaborer avec d’autres scientifiques et intervenants.
  • Esprit d’entreprise, débrouillardise et aptitude à aborder de façon créative les liens entre les oiseaux, les lieux et les personnes.

Durée de l’emploi

Deux ans, avec possibilité de renouvellement.

Candidats du Canada

Les candidats doivent faire parvenir leur curriculum vitae et une lettre d’accompagnement à Stuart Mackenzie (smackenzie@oiseauxcanada.org), qui peut aussi répondre aux questions relatives au poste.

Candidats des États-Unis

Transmettez votre candidature par le biais du portail d’emplois de la National Audubon Society (https://careers-audubon.icims.com/jobs/4245/movement-ecologist/job). Pour que votre candidature soit considérée, veuillez présenter votre curriculum vitae et une lettre d’accompagnement.

Si vous avez des questions à poser au sujet du poste, veuillez prendre contact avec Jill Deppe, Ph. D. (jdeppe@audubon.org).

Nous offrons un salaire et des avantages sociaux concurrentiels, qui seront déterminés en fonction de l’expérience et du lieu de travail (au Canada ou aux États-Unis) de la ou du titulaire du poste.

octobre 2019

Mise à jour du site Web de Motus et du progiciel R

Nous avons le plaisir de vous informer que nous avons récemment diffusé de nouvelles mises à jour du site Web de Motus et du progiciel R. Ces mises à jour se rapportent principalement à l’intégration de la gamme de produits de Cellular Tracking Technologies (CTT) : CTT SensorStation, CTT Node, LifeTag et PowerTag. Vous trouverez de plus amples renseignements sur l’intégration des produits de CTT sur la page des mises à jour.

De plus, nous avons apporté un certain nombre d’améliorations au progiciel R qui sont décrites en résumé sur cette page : https://github.com/MotusWTS/motus/blob/master/NEWS.md. Vous trouverez également sur la page des mises à jour de l’information sur d’autres caractéristiques nouvelles de l’interface et du site Web et sur les correctifs apportés.

Information importante pour les utilisateurs du progiciel R – En raison de la nature des modifications apportées, tous les utilisateurs devront télécharger la plus récente version (version 3) du progiciel R de Motus pour pouvoir accéder à leurs données Motus. Ils devront également télécharger une nouvelle copie complete du fichier .motus pour leurs projets ou stations réceptrices.

Autres caractéristiques nouvelles du site Web et de l’interface et correctifs

  • Les modifications du progiciel R sont présentées ici : https://github.com/MotusWTS/motus/blob/master/NEWS.md
    • Une nouvelle version (V.2) de la table d’activités pouvant être utilisée pour générer des filtres basés sur l’activité radio à la station dans le but de déterminer les fausses détections a été publiée en août 2019.
    • La référence temporelle dans la vue alltags à partir des déploiements de stations réceptrices qui ne fonctionnent pas en temps universel coordonné (UTC) a été corrigée (tsCorrected).
    • Plusieurs sessions par nom d’utilisateur sont possibles dans le progiciel R.

octobre 2019

Intégration des produits de Cellular Tracking Technologies

Dans le but d’enrichir la gamme de technologies et d’options de gestion de données novatrices mise à la disposition des collaborateurs pour son utilisation avec Motus, Études d’Oiseaux Canada a établi un partenariat avec Cellular Tracking Technologies (CTT) en vue d’intégrer la gamme d’émetteurs et de récepteurs LifeTag et PowerTag et la station réceptrice SensorStation dans le réseau Motus. Le financement de cette intégration a été assuré par un des plus importants commanditaires du réseau, CANARIE – une une entreprise sans but lucratif qui renforce le leadership du Canada en science et en technologie en exploitant une infrastructure numérique qui facilite la recherche et l’innovation de calibre mondial – et grâce à un investissement substantiel de la part de CTT.

Lotek Wireless demeure un de nos importants partenaires. Nous continuons de travailler avec cette entreprise à améliorer l’intégration de leur technologie dans le réseau. Nous considérons les technologies de CTT et de Lotek comme complémentaires plutôt que concurrentes. Ensemble, les deux entreprises fournissent au grand nombre de nos collaborateurs des secteurs universitaire, gouvernemental et non gouvernemental une solide gamme d’outils et de possibilités qui soutiendront et stimuleront la recherche et la conservation pendant de nombreuses années.

Les émetteurs CTT sont des variantes évoluées des émetteurs conçus et soumis à des tests approfondis par David Winkler, Ph. D., et l’équipe TABER de l’Université Cornell, lesquels fonctionnent à la fréquence de 434 MHz. Il existe d’importantes différences sur le plan du fonctionnement entre ces émetteurs et les nano-émetteurs Lotek largement répandus qui fonctionnent actuellement aux fréquences de 150,1, 151,5 et 166,38 Mhz, mais les données recueillies sont fondamentalement similaires. La plus grande différence est que les émetteurs CTT ont des millions d’identifiants uniques, par rapport aux milliers d’identifiants propres aux nano-émetteurs. Il y a aussi des différences fondamentales quant au codage des émetteurs CTT, ce qui facilite la gestion des données. Les émetteurs des deux fabricants diffèrent quelque peu en ce qui touche la fonctionnalité, la forme et la conception, mais dans la plupart des cas les principes d’harnachement et de fixation sont identiques, les différents modèles d’émetteur ont généralement le même poids et les essais et les projets ont donné d’excellents résultats jusqu’à présent.

Les récepteurs SensorStation de CTT sont des hybrides sur mesure entre le SensorGnome utilisé par la plupart des collaborateurs de Motus et le récepteur propre à CTT qui capte les signaux des émetteurs e CTT. Ces récepteurs SensorStation peuvent détecter les signaux des nano-émetteurs Lotek et des émetteurs CTT. Les récepteurs SensorGnome qui fonctionnent sur les nano-ordinateurs Raspberry Pi partout dans le réseau peuvent aussi être modifiés pour capter les signaux des deux types d’émetteurs avec l’installation d’un dongle radio captant les signaux des émetteurs CTT. Une mise à jour logicielle acceptant cette modification sera mise à disposition sous peu. Les récepteurs Lotek détectent seulement les signaux des nano-émetteurs Lotek. La majorité des stations du réseau reçoivent encore les signaux des nano-émetteurs Lotek, mais le nombre de stations recevant les signaux des émetteurs CTT et de stations doubles recevant autant les nano-émetteurs que les émetteurs CTT est en augmentation. Vous pouvez visionner les positions des stations fonctionnant sur différentes fréquences en utilisant votre carte des positions de récepteurs : https://motus.org/data/receiversMap?lang=fr.

Les données provenant de tous les récepteurs et des émetteurs de tous les types sont centralisées dans la base de Motus au Centre national de données d’Études d’Oiseaux Canada. Elles sont mises à la disposition des collaborateurs par l’intermédiaire de tous les portails Web de Motus et le progiciel/guide R.

Nous continuerons de mettre à jour le contenu et les instructions sur le site Web de Motus et nous diffuserons les mises à jour du serveur de liste de Motus. Entre-temps, n’hésitez pas à communiquer avec nous si vous avez besoin de précisions.

2 février 2018

Nous avons le plaisir de vous informer que nous avons récemment mis en place de nouvelles fonctions d’accès aux données et effectué d’importantes mises à jour du site Web de Motus.

Un centre de notification est maintenant mis à votre disposition pour chaque projet dans le but de vous aider à faire en sorte que vos métadonnées soient complètes et exactes à tous les points de vue. **Des métadonnées incomplètes peuvent produire des fichiers de détection incomplets.** Cliquez sur le lien « Problèmes de données » dans votre page « Gestion de projet » pour voir s’il y a un ou des problèmes et pour les résoudre.

Il est maintenant possible de télécharger des données – par projet ou par station réceptrice – directement par l’intermédiaire d’un nouveau progiciel R‑Motus. Vous pourrez télécharger des données au moyen de cet outil en temps réel, ce qui vous permettra de mettre à jour vos données .motus au fur et à mesure. Les données ne seront plus disponibles sous la forme de fichiers statiques, sauf dans des circonstances particulières. La version mise à jour du guide R-Motus fournit la marche à suivre détaillée pour l’installation de ce progiciel, le téléchargement de vos données et le filtrage des possibles faux positifs, et pour commencer à explorer celui-ci : https://motus.org/MotusRBook/ (en anglais).

Un nouvel outil de recherche de parcours permet de visionner les parcours animés de tous les micro-émetteurs Motus et fournit un sommaire pour chaque station réceptrice qu’on peut facilement ventiler par projet ou par espèce.

Nous espérons que ces nouveaux outils seront des ressources utiles pour l’exécution de vos projets. N’hésitez pas à communiquer avec nous pour obtenir des clarifications ou pour signaler tout problème relatif à ces outils.

Nous vous souhaitons d’agréables explorations.

L’équipe de Motus

Mise à jour concernant les données Motus

15 janvier 2017

Les fichiers de données de détection Motus ont été mis à jour sur vos pages de projets respectives sur Motus.org, qui devrait inclure toutes les données téléchargées depuis septembre, à quelques exceptions près. Nous travaillons sur différents bugs mineurs pour certains lots qui seront mis à jour dès qu’ils seront disponibles. Les instructions pour accéder à vos données sont disponibles ici:

https://motus.org/MotusRBook/ (disponible en anglais seulement pour l’instant)

S’il vous plaît laissez-nous savoir si vous rencontrez des problèmes, ou s’il semble y avoir des données manquantes dans vos fichiers.

Bonne année.

Au nom de l’équipe Motus.

Les données de détections des émetteurs Motus sont maintenant disponibles

18 septembre 2017

Nous sommes très heureux de vous annoncer que les données de détections des émetteurs Motus sont maintenant disponibles pour téléchargement à partir du site web Motus!

Accédez à votre compte, visitez la page des téléchargements, choisissez un projet et cliquez le lien « Données de détection ».

Les données sont fournies dans le format SQLite (extension .motus), qui peut être utilisé dans le logiciel R. Pour vous aider, nous avons créé un livre en ligne qui explique comment utiliser vos données dans R (lien disponible en anglais seulement pour l’instant). Nous continuerons d’ajouter des sections au livre à mesure que de nouveaux outils, fonctions R ou exemples seront disponibles. Dans un avenir rapproché, vous serez en mesure de créer vos propres fichiers SQLite à partir du progiciel R pour Motus en connectant directement avec le serveur Motus (présentement en développement).

Le traitement des données est maintenant entièrement automatisé, et permettra de traiter les nouveaux fichiers des récepteurs à mesure qu’ils seront reçus. Les données issues des nouveaux fichiers seront ajoutées automatiquement aux fichiers SQLite disponibles pour téléchargement. Veuillez noter que les fichiers antérieurs n’ont pas encore été tous traités. Nous fournirons bientôt une page au site web Motus qui indiquera le statut de traitement de chaque récepteur.

Nous vous encourageons à examiner vos données attentivement pour toute disparité (ex. détections erronées ou omissions, incluant par exemple un émetteur pour lequel il n’existe aucune détection). Les prochaines mises à jour du livre fourniront des instructions qui vous aideront à filtrer et vérifier vos données. Veuillez noter que le traitement des données dépend intimement de la présence de métadonnées complètes et exactes sur vos récepteurs et vos émetteurs. Veuillez vous assurez que vos métadonnées sont à jour et complètes. Des métadonnées incomplètes ou incorrectes peuvent occasionner des données de détection manquantes pour votre projet et celui des autres. Si vous décelez des problèmes avec vos données, veuillez envoyer une description détaillée à motus@birdscanada.org, en incluant suffisamment de détails pour permettre à une personne qui n’est pas familière avec vos données puisse comprendre et reproduire votre problème.

Mise à jour concernant le traitement des données

12 septembre 2017

Ceci est une mise à jour concernant notre message du 21 août dernier (ci-dessous). Nous sommes heureux de vous informer que le processus automatisé de traitement des données est maintenant opérationnel et fonctionne bien. Le traitement des données est en cours depuis plusieurs jours, et environ la moitié des données antérieures ont maintenant été traitées.

Nous sommes présentement en train de créer les fichiers pour chaque projet qui incluent toutes les données disponibles jusqu’à présent, et que vous serez en mesure de télécharger depuis votre page du projet sur le site motus.org à partir du 18 septembre. Nous enverrons une mise à jour sur ce forum et communiquerons avec les responsables des projets lorsque les fichiers seront prêts, incluant des instructions sur la façon d’accéder à vos données. Nous continuerons par la suite à ajouter les nouvelles données à mesure que le traitement se poursuivra, et enverrons à nouveau un message lorsque toutes les données antérieures auront été traitées. Jusqu’à ce moment, les fichiers pour chaque projet demeureront incomplets, mais un accès plus hâtif vous donnera la chance de commencer à vous familiariser avec vos données.

Veuillez noter que le traitement des données dépend intimement de la présence de métadonnées complètes et exactes sur vos récepteurs et vos émetteurs. Veuillez vous assurez que vos métadonnées sont à jour et complètes. Des métadonnées incomplètes ou incorrectes peuvent occasionner des données de détection manquantes.

Nous nous excusons pour les délais et vous remercions de votre patience. N’hésitez pas à communiquer avec nous si vous avez des questions.

Mise à jour concernant le traitement des données

21 août 2017

Au cours de la dernière année, nous nous sommes concentrés sur la programmation informatique dans le but d’en arriver à automatiser le traitement de la plupart des aspects des données Motus. Cette automatisation, un fois réalisée, permettra aux chercheurs d’extraire des données rapidement et soutiendra la croissance continue du réseau Motus, mais .

Malheureusement, cette transition a pris plus de temps que nous l’avions prévu. Il en est résulté que de nombreux utilisateurs de Motus n’ont pas pu obtenir le plein accès aux données aussi rapidement que nous l’avions – et qu’ils l’avaient – anticipé, et nous nous en excusons.

Nous avons le plaisir de vous informer que le travail de programmation et les essais ont progressé d’excellente façon. Dès lors, nous prévoyons que vous aurez accès aux données dès le début de septembre. Nous vous fournirons bientôt la marche à suivre pour accéder à vos données et les utiliser au moyen d’un progiciel R Motus.

Nous diffuserons une autre mise à jour dès que le processus sera complété. D’ici là, n’hésitez pas à communiquer avec nous si vous avez besoin de précisions.

Nous vous remercions de votre patience et de votre compréhension pendant l’achèvement de l’automatisation nécessaire à la mise en œuvre d’un système efficient et efficace.

Très cordialement,

L’équipe de Motus

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